La colección del museo está organizado en tres partes, siguiendo las distintas fases de la obra de Van Gogh en relación con los trabajos de otros artistas coetáneos y la historia de la colección del propio museo. La obra de Van Gogh está dividida en cinco periodos de orden cronológico, representando las diferentes etapas de la vida y obra del artista en: Holanda, París, Arlés, Saint-Rémy y Auvers-sur-Oise.
Entre septiembre de 2012 y abril de 2013 el museo acometió importantes reformas. Durante este periodo, setenta obras de sus fondos, incluyendo obras emblemáticas como La Casa Amarilla, Los comedores de patatas o Los Girasoles se trasladaron al Hermitage Museum de Ámsterdam.
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