El Museo Universidad de Navarra se ubica en un edificio diseñado por Rafael Moneo que cuenta con más de 11.000 metros cuadrados distribuidos en tres plantas: 3.000 metros cuadrados de suelo expositivo, 12 salas expositivas, restaurante, terraza, tres talleres, y dos aulas.
El Museo tiene principalmente vocación docente y con su localización en el campus de la Universidad de Navarra pretende estar inmerso en el día a día de los alumnos.
En cuanto a su programación, la línea escogida da cabida todas las disciplinas artísticas, a través de exposiciones temporales, exposiciones de dibujo en la colección del museo permanente, programas públicos y otros eventos artísticos y actuaciones.