Su afición por el coleccionismo de arte contemporáneo llevó a la diseñadora de moda Miuccia Prada y a su marido Patrizio Bertelli a abrir en 1993 PradaMilanoarte y, dos años después, la Fondazione Prada.
Sus programas expositivos son diseñados por artistas contemporáneos internacionales y desde 1997 la Fondazione colabora también en proyectos de arte urbano vinculados a la ciudad de Milán, como en la puesta en marcha de la iluminación permanente creada por Dan Flavin para la iglesia de Santa Maria Annunciata.
Además de muestras temporales, este centro organiza actividades vinculadas con la arquitectura, la filosofía, la ciencia, el diseño y el cine.