El Tokyo National Museum abre sus puertas el 1 de abril de 2001, como parte de la «Independent Administrative Institution National Museum». Esto es, un sector independiente del cuerpo de gobierno, concebido para refinar los servicios del museo y estar pendiente de todas las demandas para así, hacerlo más accesible a los visitantes. El museo por otro lado continua su labor de atesorar y conservar las incalculables propiedades culturales de Japón, para así preservarlas para las generaciones posteriores. El museo también está dedicado a la promoción y difusión de la historia y la cultura japonesa en otros países a través de sus bienes materiales.
Además de los fondos de la colección, se destaca igualmente desde el propio museo, el valor de la gran puerta de madera del siglo XIX y los cinco edificios que componen el complejo de las galerías, todos del siglo XX. La exposición permanente, formada por más de 500 piezas, incluye artes decorativas y reliquias arqueológicas.