Creado por un decreto de 16 de julio de 1895 se inaugura en diciembre de 1896. El edificio constituido como la antigua casa de bombas de la Distribuidora de Agua de la Ciudad, posteriormente Alejandro Bustillo lo acondiciona como museo. Se instala la biblioteca y todo su patrimonio en obras de arte, que se quintuplica desde su creación debido a donaciones y el programa de compras que lleva a cabo su primer director.
Su punto de partida son las obras de Adriano Rossi, José Prudencio Guerrico y el español Pérez Villamil. Destacan obras como La ninfa sorprendida, de Manet, Vahine note miti, de Gauguin o Le moulin de la Galette de Van Gogh.