Se funda con el nombre de «Museo de Pinturas» en 1835, fruto de la confiscación de bienes llevada a cabo durante la desamortización de Mendizábal. Tras un largo periodo de cierre y quince años de clausura parcial, se reabre al público en 1990.
Su sede es el convento de La Merced, rehabilitado como museo a principios de los noventa. Aunque lo más destacable de sus fondos es la colección de pintura barroca española, con obras de Zurbarán, Velázquez, Rubens y Murillo entre otros; también cuenta con piezas de pintura, escultura, dibujo, cerámica, mobiliario, orfebrería, bordados y armas realizados entre los siglos XV al XX.